Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms