Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LHX3Q9UBR4 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LHX3Q9UBR4 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms