Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
VPS39Q96JC1 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
VPS39Q96JC1 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms