Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.3 ms