Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NUP88Q99567 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms