Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC54Q8NEL0 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms