Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CTCFP49711 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CTCFP49711 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CTCFP49711 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CTCFP49711 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CTCFP49711 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms