Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms