Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SMARCA1P28370 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms