Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
SDC1P18827 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
SDC1P18827 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
SDC1P18827 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
SDC1P18827 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
SDC1P18827 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
SDC1P18827 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms