Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC9Q9Y3X0 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC9Q9Y3X0 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms