Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS54Q9P1Q0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms