Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC87Q9NVE4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms