Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP54Q70EL1 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP54Q70EL1 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms