Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS53Q5VIR6 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms