Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP4Q13107 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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USP4Q13107 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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USP4Q13107 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP4Q13107 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
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USP4Q13107 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
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USP4Q13107 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
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USP4Q13107 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
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USP4Q13107 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
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USP4Q13107 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
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USP4Q13107 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP4Q13107 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP4Q13107 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
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