Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL4A3Q01955 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms