Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KLHL28Q9NXS3 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KLHL28Q9NXS3 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms