Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SMARCA1P28370 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.4 ms