Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms