Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
USP53Q70EK8 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms