Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms