Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DOAP06340 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms