Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC28AQ8IWP9 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28AQ8IWP9 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC28AQ8IWP9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC28AQ8IWP9 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC28AQ8IWP9 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms