Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL8A1P27658 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL8A1P27658 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL8A1P27658 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL8A1P27658 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL8A1P27658 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL8A1P27658 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms