Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms