Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP28Q96RU2 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP28Q96RU2 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms