Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRERF1Q96PN7 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms