Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP41Q3LFD5 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms