Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC30.26■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC30.26■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.24■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
TCOF1Q13428 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
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