Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CTCFP49711 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CTCFP49711 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CTCFP49711 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CTCFP49711 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CTCFP49711 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms