Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms