Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
KLHL28Q9NXS3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
KLHL28Q9NXS3 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms