Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXA4Q00056 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXA4Q00056 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms