Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD3P31249 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms