Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A4P53420 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms