Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CUX1P39880 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CUX1P39880 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CUX1P39880 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CUX1P39880 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CUX1P39880 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CUX1P39880 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
CUX1P39880 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
CUX1P39880 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
CUX1P39880 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms