Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP3Q9Y3E7 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms