Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms