Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CPSF3Q9UKF6 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms