Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms