Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms