Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS53Q5VIR6 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms