Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SF3A1Q15459 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SF3A1Q15459 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
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