Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
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