Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms