Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
HOXC9P31274 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms