Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms