Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL5A3P25940 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL5A3P25940 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms