Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG1P18858 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG1P18858 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG1P18858 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIG1P18858 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIG1P18858 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms